Мир Джафар Багиров родился  в Кубе в семье азербайджанцев. Багировы принадлежали к мусульманам-шиитам, о чём свидетельствует приставка «Мир» к имени, правом ношения которой обладала определённая часть представителей этого течения ислама (она присутствует в имени отца, всех родных дядей и даже сводных дядей). Порой сам М. Д. Багиров, не желая афишировать своё сейидское происхождение (принадлежность к потомкам пророка Мухаммеда) в условиях господствовавшего в стране атеизма, при заполнении анкет писал лишь часть имени «Джафар».

Социальное происхождение Багирова не до конца ясно. В анкете за 1922 год он оставил запись, что дед по отцовской линии и сам отец являлись «хлебопашцами, хозяевами-одиночками»; в автобиографии от 1923 года Багиров писал, что он родился «в самой бедной семье», а графу основного занятия родителей до революции в личном листке по учёту кадров 1937 года он заполнил фразой «Крестьянин-бедняк». Только в одной анкете Багиров отметил, что его мать — дочь дворянина. Ест  предположение, что мать Багирова могла быть из семьи обедневших беков. Показания, полученные по делу М. Д. Багирова в 1954—1955 годов, свидетельствовали о том, что он сын «крупнейшего духовного лица Кубинского уезда».

Мир Джафар Багиров до 1907 года учился в мектебе. Он отмечал, что здесь изучали Коран, персидский язык и литературу. В дальнейшем Багиров обучался в трёхлетнем Кубинском начальном училище, затем в четырёхлетнем высшем начальном училище, которое окончил в 1913 году. За государственный счёт он отправился в Порт-Петровск на двухгодичные педагогические курсы, по завершении которых начал педагогическую деятельность. Вначале он заведовал начальной школой в Худате, затем в селении Неджефкенд.

В 1930—1931 годах М. Д. Багиров являлся слушателем Курсов марксизма-ленинизма при ЦИК СССР.

Начало трудовую дейтельност как  учитель средней школы. В марте 1917 вступил в РСДРП(б). В 1917 зам. пред. Кубинского ревкома. В 1918-20 служил на политических постах в армии. В 1919 участвовал в подавлении Астраханского восстания. В 1920 зам. пред. Ревкома Карабахской области, комиссар и пред. Верховного трибунала Азербайджанского Ревкома, зам. пред. военного трибунала 11-й армии РККА. В 1921-27 пред. Азербайджанской ЧК-ГПУ, нарком внутренних дел и зам. пред. СНК Азербайджанской ССР. В 1927-29 пред. Правления Сельскосоюза ЗСФСР. В 1929-30 пред. Азербайджанского ГПУ. Под его руководством начинал свою карьеру Л.П.Берия. Сначала Багиров покровительствовал ему, а после того как Л.Берия сделал головокружительную карьеру, он в свою очередь стал продвигать и оказывать поддержку Б. На протяжении почти 15 лет Багиров всегда считался "человеком Берии". В 1932-33 ответственный инструктор ЦК ВКП(б), пред. СНК Азербайджанской ССР. С 1933 занимал пост 1-го секретаря ЦК КП Азербайджана и Бакинского горкома партии. 20 лет Багиров являлся безраздельным властителем республики, которая при поддержке Берии стала его вотчиной. Руководил развертыванием массовых репрессий в 1936-38, а затем и во время и после Великой Отечественной войны. С 1934 кандидат в члены, в 1939-53 член ЦК КПСС. С 1937 депутат Верховного Совета СССР. Автор книги "Из истории большевистских организаций Баку и Азербайджана", в которой сильно преувеличена рольИ.В.Сталина. Во время  Великой Отечественной Войны член Военного совета Закавказского фронта. После смерти Сталина Багиров, как пользующийся неограниченным доверием Берии, 6 марта 1953 стал кандидатом в члены Президиума ЦК КПСС, а с апр. по июль 1953 также возглавлял Совет министров Азербайджанской ССР. После падения Берии, Мир Джафар Багиров выступая на июльском Пленуме ЦК, заявил: "Берия - это хамелеон, злейший враг нашей партии, нашего народа". Но это ему не помогло, и на пленуме Багирова обвинили в том, что он пользовался покровительством Берии. 

07 июля 1953 он был выведен из состава ЦК и Президиума КПСС, снят с поста 1-го секретаря ЦК КП Азербайджана и в окт. 1953 переведен на незначительную должность зам. нач. объединения "Куйбышевнефть" по кадрам. 

13 марта 1954 исключен из КПСС и арестован. Как сообщник Берии 07 мая 1956 на процессе в Баку Военной коллегией Верховного суда СССР приговорен "за нарушения социалистической законности" к смертной казни. Расстрелян 26 мая 1956 года.